Agustina Mazzoni es médica especialista en Tocoginecología de la Universidad de Buenos Aires (UBA). Se graduó de magíster en Efectividad Clínica en la misma casa de estudios.
En la actualidad se desempeña como investigadora de planta en el Departamentos de Investigación en Salud de la Madre y el Niño y en el Departamento de Calidad, Seguridad y Gestión Clínica del IECS.
Obtuvo dos becas Fogarty del Centro Internacional Fogarty de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) de Estados Unidos: Fogarty International Research Scholar Program y Fogarty International Research Fellows Program en 2008 y 2010 respectivamente. Entre 2017 y 2020 fue coordinadora del Área Médica y luego coordinadora general del Programa SUMAR del Ministerio de Salud de la Nación, financiado por el Banco Mundial.